Этот католический храм ещё называют церковью Святого Иоанна Крестителя, он расположен в 1-м районе Вены. Мальтийской её назвали в честь соответствующего ордена, которому данный храм и принадлежит. Мальтийцы пришли в Вену в начале XIII столетия, будучи приглашёнными Леопольдом IV. Самая первая мальтийская церковь здесь появилась в 1217 году, тогда её называли «домом братьев Святого Иоанна». Священнослужитель этой церкви должен был заботиться о больных и бедных.
Часовня Иоанна Крестителя была возведена на месте старой церкви в 1265 году, а в 1340 году её заменил готический храм. То здание церкви, что сохранилось до настоящего времени, было построено в середине XV столетия. В 1806 году после реконструкции изменились фасады церкви, появилась небольшая башня и пилястры. Зданию был придан барочный вид, алтарь, а позднее и орган сделал Иоганн Шмидт. Наконец, в 1857 году в окнах церкви появились красивые витражи. По ходу I мировой войны орден сильно издержался, тратя немалые средства на госпиталь, его персонал и необходимый транспорт, поэтому вынужден был продать церковь в 1933 году местной архиепархии, которая на протяжении трёх десятилетий оставляла церковь в прежнем виде. Тогда она и была признана значительным историческим памятником.
В 1960-м году вновь набравшийся сил Мальтийский орден вновь выкупил свою церковь и спустя 8 лет приступил к её реставрации. Начали с реконструкции алтаря, спустя 4 года перестройка дошла до остального интерьера, а в 1984 году занялись реконструкцией фасада. Самым интересным элементом храма остаётся алтарь, который украшают статуи апостолов Петра и Павла. Здесь же есть мраморная композиция, где изображён Жан Валетт и два турка, она была посвящена войне 1557 года, в ходе которой Валетт смог отбить нападение османов на Мальту.